《石头记》中是描写得清清楚楚的。至于石头，据说是空空道人闻知“这一干风流冤家（即神瑛、绛珠等）尚未投胎入世，趁此机会，就将此蠢物（即石头）夹带于中，使他去经历经历”的。由谁来“夹带”呢？由下凡的神瑛侍者。所以贾宝玉就衔着它来到了人间。偌大的顽石变幻成小小的美玉，是它在青埂峰下遇僧道“念咒书符，大展幻术”的结果，上面的字也是癞僧在那时镌刻下的。它来到世间，并没有再变成人形；还是小说楔子中描写过的、甄士隐在梦中见过一面的老样子，一块小小的通灵宝玉顽石的幻相。所以，不能把被夹带的石头与带着它入世的神瑛侍者混为一谈。当然，作者这样设计，也为了表明两者是有着特殊密切关系的，但毕竟不能视为一回事。
曹雪芹这样构思的意图，后人不太了解，以为“神瑛”之名本亦“宝玉”之义，又何必在石头幻为美玉之外，又另写一神瑛侍者，不如就将二者合为一体，倒能免滋读者疑惑。于是就将小说原来的叙述加以改写。在脂评本中，“时有赤瑕宫神瑛侍者”句，原是另外叙起的；到了程高本，便在它的前面凭空添上几句话，说：
只因当年这个石头，娲皇未用，自己却也落得逍遥自在，各处去游玩。一日，来到警幻仙子处，那仙子知他有些来历，因留他在赤霞宫中，名他为赤霞宫神瑛侍者。（引据人民文学出版社1964年版，后同，第一回）
经这样改动，石头就成了神瑛侍者了。可是却发生了许多令人无法理解的矛盾。前面写石头因为“不堪入选，遂自怨自叹，日夜悲号惭愧”，这里却说它“落得逍遥自在”；前面写石头遇见僧道后，即被那癞僧袖了而去，原来也是癞僧与跛道一起，“到警幻仙子宫中，将这蠢物交割清楚”的，这里却又说它到“各处去游玩”，并且自己“来到警幻仙子处”，成了“神瑛侍者”，这岂不叫读者无所适从了？有的研究者发现了程高本对脂评本作了这样的改动，不但不认为这样改有什么问题，反而责怪脂评本写石头是石头、神瑛是神瑛不妥，使人搞不清贾宝玉究竟是石头投胎呢，还是神瑛投胎（应该说是自己不了解作者意图，又没有细心去读），认为应该合二为一。甚至由此而进一步得出结论，认为脂评本既写石头，又写神瑛侍者，是一个破绽，证明小说这部分的文字是由两种稿子拼凑而成的：“石兄”旧稿写石头投胎为宝玉，曹雪芹新稿则写神瑛侍者投胎为宝玉。他在缀合新旧二稿时，没有来得及把相互矛盾的地方统一起来，以致留下了明显的接合痕迹。如果《红楼梦》真的一开卷就如此矛盾，它还能成为最优秀的古典小说？如果曹雪芹只会拼凑别人的成稿，而且连在两种稿子所写的不同开头中只保留一种，或统一成一种都不会，他还算得上是一位伟大的文学家？显然，这样的说法是太不了解作者在构思上所花的一番苦心了。
石头变成通灵玉被贾宝玉“夹带”到世上来后，虽则被挂在宝玉的脖子上，却并不同于薛宝钗的金锁或史湘云的金麒麟。它是有意识、能思想的，它在十分留心地观察着周围的事物，包括观察据有它的那个人贾宝玉；它的职能就是把这一切记录下来，写成《石头记》。
在早期脂本中有不少表明石头在整个故事发展过程中总是执行着自己任务的文字（有的还是石头的自白），因为后人不甚了解作者的意图，有一些被当作是误植入正文的脂评文字而剔除了。有一些则干脆被认为是作者自己多余的说明，也将它删去了。现将有关文字举例如下：
其口碑排写得明白，下面皆注着始祖官爵并房次，石头亦曾抄写了一张〔脂评：忙中闲笔，用得好！〕，今据石上所抄云：（甲戌本第四回）
按：程高本将这几句连同“贾不假……”四句口碑下面的作者原注一并删去，是很不合理的。
你道这一家姓甚名谁，又与荣府有甚瓜葛？诸公若嫌琐碎粗鄙呢，则快掷下此书，另觅好书去醒目，若谓聊可破闷时，待蠢物〔脂评：妙谦，是石头口角。〕逐细言来。方才所说这小小一家……（甲戌本第六回）
按：“诸公若嫌”至“逐细言来”数句，戚序本有；己卯、庚辰本无。俞平伯同志说：“此殆作者初稿，校本从己卯、庚辰本删去。”意为己卯等本缺此，是后来作者自己改掉的。这不可能。因为有了石头的这样一段插话，下面继续说到刘姥姥家时，才用“方才所说”等字样。己卯、庚辰本只删石头口吻的插话，而不删“方才”等字，前后不合榫，可知必非作者所改。
那顽石亦曾记下他这幻相并癞僧所镌的篆文，今按图画于后……（甲戌本第八回）
凤姐因怕通灵玉失落，便等宝玉睡下，命人拿来，塞在自己枕边。宝玉不知与秦钟算何账目，未见真切，未曾记得，此系疑案，不